あれからいろいろ調べてみました。FTDX3000のCATコントールはまず標準のRS232C　もしくはYaesuから仮想COMポートドライバをインストールしてメニューの037でUSBを選択すると、USB接続のEnhancedCOMポートが使えるようになります。
このUSBポートはFTDX3000の本体電源関係なく外部電源を入れると有効になるようです。またメニューでRS232Cを選択してもStanderdCOMポートは生きているようです。つまりメニューはEnhancedCOMポートかRS323Cだけを選択しているようです。当然USBAudioCODECも生きています。そんなわけでRTTYとかJT65のStanderdCOMによるPTT制御運用は標準RS232Cを選択しても問題なく使えます。

今までは仮想COMポートとしてLBP2を使っていましたがいかんせん重い。それでVirtual Serial Ports Emulatorを使ってみました。これは物理ポートに一対になった仮想ポートを作成し、そして作成したポートアプリから自由にアクセスできます。残念ながら64Bit版は有償ですが、起動時の警告をクリックすれば問題なく使えます。そして何よりもLBP2に比べるとはるかに軽いし、HDSDR　HRD　cwskimmer　Hamlog等全部のポートを同じポートに統一できます。


Virtual Serial Ports Emulatorの設定
まずdevice　createで、Splitterを選択します。

Data sourceは実際のCOMポートを指定して、Virtialは適当にCOM10あたりを選択します。




settingでスピードを設定します。


できたらこの設定を名前をつけて保存しておくと次回の起動時に楽です。また下記の設定でショートカットを作成し、自動起動すると便利です。

"C:\Program Files (x86)\Eterlogic.com\Virtual Serial Ports Emulator\VSPEmulator.exe" -minimize -hide_splash 保存した設定ファィル名.vspe

あとはHRDとかOmnirigとかHAMLOGをすべてCOM10に設定すると使えます。
FTDX-3000の場合はRIGをFT-950に設定しておかないとRIGの周波数が時々リセットされるなどの現象が置きます。

2015　3/24追記
上記ftdx-3000用のiniを作りなおしました。
http://nyan.ldblog.jp/archives/43952094.html