とりあえず下記のものとFTDX3000のIF出力に接続します。なおSC-HFCONV-100のUSBは単に電源をとっているだけです。

DVB-T+DAB+FM USB チューナー RTL2832U+R820T [エレクトロニクス]RTL-SDR対応HF UP CONVERTER (HFコンバーター)SC-HFCONV-100 [エレクトロニクス]

オンラインマニュアルも参照してみてください。
http://blog.livedoor.jp/bh5ea20tb-youpapa2/archives/39358563.html

接続が終わったらFTDX3000の設定を変更します。
メニューNo
037 CAT SELECT USB
038 CAT RATE 38,400
039 CAT TIME OUT TIMER 10msec
040 CAT RTS ENABLE
065 MODE CW PC KEYING RTS
075 DATA IN SELECT USB
065と075は関係ないんだけど、JT65とかDigitalSoundで使うのに必要なんで設定しておきます。

HDSDROmni-RIGをインストールします。

HDSDRの設定
USBチューナとの設定方法はいっぱいネットに情報があるので割愛します。
上記のコンバータの販売元のシャフトコーポーレションさんの説明書がわかりやすくて参考になります。

とりあえずUSBチューナでコンバータをとうして近所のAM放送が受信できるのを確認してください。

HDSDR1

上記のように設定します。SDR on IF outputを選択します。右は単体で使う場合はby Omni-Rig1を選択,
HRDと連携するのならばby HRD DDEを選択します。
IF周波数は100MhzのコンバータなんでFTDX3000のIF周波数9Mhzに足した109Mhzに設定します。Global Offsetなんですが、これはR820Tの周波数の較正の周波数を入れます。
JJTを受信してもいいんですが、実際に7MあたりのLSBでの交信を聞いて合わせたほうがいいです。合わせ方はまずFTDX3000の変調の音を聞いて周波数をメモしておいて、こんどはPCから聞こえる音でその差をここに入力します。私は4600hzぐらいでした。
単体で使う場合はOptionでCATtoRadioを選択してomni-rig の設定をします。FTDX5000MPしかないのでそれを選択します。物理ポートを選びbaud-reteは38400です。あとはsyncRig1を選択してActiveになったら、その下にあるsyncにすべてチェックをつけます。

omni

これで表示できると思います。

HRDと連携するのであればomni-rigの設定は不要です。オプションのDDE to HDSDRでDDE formatでHRDを選択します。omini-rigを使ってもいいんですが、無駄なCOMポートを使わないで済むし、HRDのレスポンスも早くなります。